В Горном Алтае в герцинском тектогенезе сформировались гранитоиды I-, S-, A-типов, характеризующиеся мантийно-коровым взаимодействием с различной степенью контаминации корового материала. В составе I-типов гранитов выделены подтипы: а – слабо контаминированный; б – сильно контаминированный и редуцированный; в – пералюминиевый. Указанные подтипы образуют своеобразный тренд деплетированности изотопов неодима и стронция в направлении от слабо контаминированных к пералюминиевым при параллельном увеличении степени глиноземистости пород. Для пералюминиевых гранитоидов боровлянского и рахмановского комплексов характерны отрицательные значения εNd(t). Гранитоиды S-типа формировались в результате коллизионных процессов, они характеризуются крайней степенью присутствия корового материала, отличающегося наличием высокоглиноземистых минералов (кордиерита, граната) и высокими значениями отношений 87Sr/86Sr. Для анорогенных гранитоидов Майорского и Елиновского массивов εNd(t) = 3,8–3,9, что отвечает ассимиляции расплавом 9–10 % материала нижней – средней коры. Граниты А- и I-типов образованы вследствие внутриконтинентального рифтогенеза в связи с функционированием Сибирского суперплюма.